William i Elizabeth są skazani na śmierć za pomoc piratowi. Zostają uwięzieni. Lord Beckett obiecuje, że jeśli Turner dostarczy mu busolę Jacka Sparrowa, ułaskawi ich. Will niezwłocznie rusza na poszukiwanie pirata. Odnajduje go na wyspie zamieszkanej przez kanibalów. Okazuje się, że tubylcy uważają Sparrowa za bóstwo w cielesnej postaci i chcą go niebawem uwolnić ze swego ciała. Turner zostaje zamknięty w klatce razem z Gibbsem i resztą załogi "Czarnej Perły". Udaje mu się uciec na statek a po brawurowej ucieczce dołącza do niego Sparrow. Pirat obiecuje Williamowi, że jeśli ten zdobędzie klucz do skrzyni Davy'ego Jonesa, odda mu swoją busolę. Po wizycie u czarownicy, załoga i Turner dowiadują się, że Sparrowa ściga Kraken, bestia Davy'ego Jonesa. Niezrażony tą informacją Will rusza na "Latającego Holendra". Tam po raz pierwszy spotyka po latach swojego ojca. Dowiaduje się, że ten musi spłacić dług zaciągnięty u kapitana "Latającego Holendra". Zdobywa klucz do skrzyni z sercem i przy pomocy ojca ucieka ze statku. Dociera na wyspę, na której Davy Jones zakopał skrzynię. Okazuje się, że nie jest na niej sam. Sparrow i Elizabeth również tam przybyli. Will chce przebić serce, by uwolnić ojca, lecz Jack, w obawie przed Krakenem, zabrania mu. Komodor Norrington, obecnie służący na Perle, chce zdobyć serce, by zyskać uznanie w oczach Becketa. Pomiędzy tą trójką wywiązuje się walka. Sparrow zdobywa serce i ukrywa je w słoju z piachem. Norrington zauważa to i sam je przejmuje. Ludzie Davy'ego Jonesa sądząc, że odzyskali serce (w rzeczywistości była to sama skrzynia), wracają na statek. Sparrow myśląc, że ma w posiadaniu serce Davy'ego Jonesa, szydzi sobie z kapitana "Latającego Holendra". Słój się rozbija i Jack na własne oczy się przekonuje, że oprócz piasku nic w nim nie ma. "Czarna Perła" ucieka przed "Holendrem". Davy Jones nakazuje przebudzenie Krakena. Will, mając doświadczenie z potworem, obmyśla plan odparcia jego ataku. Udaje się. Elizabeth w obawie o życie załogi przykuwa Sparrowa do tonącej "Perły". Sama ucieka. Kraken pożera Sparrowa. Załoga udaje się do Tia Dalmy, która wskrzesiła Barbossę.